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scATAC-seq
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1、2015 年,斯坦福大学 William Greenleaf 和 Howard Y Chang 继续发力,通过将 ATAC-seq 结合微流控技术,推出了升级版本单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq),文章发表于 Nature


在 scATAC-seq 中,通过一个程序化的微流控平台捕获单个细胞,随后在一个整合的流体学集成环路(integrated fluidics circuit,IFC)上进行转座酶切和 PCR,回收文库,并通过带有 barcode 的引物进行 PCR 扩增;随后将单细胞的文库混合并进行高通量测序。

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图 scATAC-seq实验流程

2、目前单细胞测序最常用的平台为 10x Genomics。2019 年 3 月,嘉因生物单细胞ATAC-seq 通过美国 10x Genomics 公司的 CSP 认证,成为全球第一家经过 10x Genomics 官方认证的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服务商。

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作为国内较早开展 ATAC-seq 服务的团队,嘉因生物于 2018 年 8 月 1 日宣布启动“十万样本 ATAC-seq 计划”,该计划受到哈佛大学刘小乐教授、北京大学李程教授和同济大学江赐忠教授的高度点评。()“十万样本 ATAC-seq 计划”自开展以来,广受好评,积累了丰富的 ATAC-seq 经验。在此基础上,嘉因生物于 2019 年进一步推出了单细胞 ATAC-seq 项目,并通过了 10x Genomics 的 CSP 认证,成为全球首个官方认可的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服务商,也进一步表明了该公司在开展单细胞 ATAC-seq 服务上的实力。

  表 嘉因生物数据与10X官网数据的详细对比

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单细胞 ATAC-seq 实现了单细胞染色质开放性的可视化,单细胞 RNA-seq 实现了单细胞基因表达水平的可视化,二者相结合可在转录水平和转录后水平全面了解基因调控网络。为此,公司还推出单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 联合项目,进一步帮助研究人员从单细胞水平深入挖掘基因表达动态调控机制。

 

自 2019 年 3 月起,嘉因生物正式在全国范围内开展了单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 上门服务,样本覆盖了小鼠脾脏组织、小鼠肺脏 T 细胞、人肝癌及癌旁组织、人胎盘组织等等。目前下机的正式项目中,数据质量全部达标,欢迎各位研究人员前来咨询探讨!



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